Die im 14. Jh. erbaute dreischiffige Barfüsserkirche war bis zur Reformation Klosterkirche des Franziskanerordens. Während des Bildersturms von Basel 1529 wurde der Sakralbau geplündert und zerstört und in der Folge lange Zeit als Lager genutzt. Seit 1894 dient der restaurierte Kirchenbau dem Historischen Museum der Stadt als Ausstellungsfläche für Kunst- und Kulturgegenstände der Basler Zünfte und des oberrheinischen Alltagslebens.
In Erd- und Obergeschoss ist eine Dauerausstellung zur Stadtgeschichte Basels zu sehen. Zu den Highlights gehören bedeutende Beispiele sakraler Kunst des Mittelalters: Reliquiare und Monstranzen des Basler Münsterschatzes, u.a. der von dem Straßburger Goldschmied Georg Gloner 1649 geschaffene Nautilus-Kelch, sowie 19 Fragmente des im 15. Jh. entstandenen Basler Totentanzes, der einst die Friedhofsmauer des Predigerklosters schmückte. Das Untergeschoss beherbergt spätgotische Wandteppiche und archäologische Fundstücke.
Das Historische Museum Basel besitzt drei Standorte. Neben dem Hauptstandort in der Barfüsserkirche gehören das Musikmuseum im Lohnhof und das Haus zum Kirschgarten zum Museum.
