Der toskanische Archipel ist als Nationalpark geschützt. Besucherzentren gibt es in Marciana und Rio nell’Elba. Im Frühling und Herbst lassen sich unzählige Arten von Zugvögeln beobachten, die auf ihrer Wanderung von Nord- und Mitteleuropa nach Afrika rasten. Auf Elba und Capraia nistet der Wanderfalke, es gibt Mauerspechte, viele Schwalbenarten wie Mauersegler und Fahlsegler sowie Sturmtaucher, Silber- und Korallenmöwen und das seltene Rothuhn.
Unter Wasser konzentriert sich das Leben an den Korallen: Algen, Schwämme, Langusten, Muränen, Krebse, Zahnbrassen, Schwertfische, Mond- und Pilotenfische. Auch Riesen sind hier zu Hause: Tunfische und Tümmler wagen sich manchmal bis in die Bucht von Portoferraio. Allerdings ist Elbas Küste stark überfischt.
