Vom Menschen am wenigsten beeinträchtigt sind Flora und Fauna im grenznahen Rhodopengebirge. In den noch weitgehend intakten Wäldern der Rhodopen leben noch wenige, von völliger Ausrottung bedrohte Braunbären und Wölfe sowie ein gesunder Bestand an Rothirschen, Rehen und Wildschweinen.
Zudem kommen hier 28 aller 30 in Europa nachgewiesenen Fledermausarten vor. Hier werden jetzt aber Flüsse aufgestaut, um durch Wasserkraft Strom zu gewinnen und die Bewässerung der Felder besser regulieren zu können. Dadurch bleiben die Überschwemmungen von Flüssen und Seen in Küstennähe aus.
