Das Stiftsmuseum ist im einstigen Kapitelhaus des Stiftes untergebracht, das um den romanischen Kreuzgang von 1220 herum angelegt worden ist. Historische Räume sind erhalten: der Kapitelsaal des 12./13. Jh., der Paramentenraum mit farbiger Stuckdecke von 1723, der Gotische Saal (13. Jh.) und der neue Kapitelsaal.
Das Museum zeigt archäologische Funde, den Stiftsschatz mit liturgischen Geräten und Kunst aus Mittelalter und Renaissance. Ein Haupwerk der Sammlung ist der Magdalenenaltar, ein kunstvoller Altar mit Gemälden aus der Werkstatt Lucas Cranachs. Die Auferstehung Christi auf der mittleren Bildtafel wird flankiert von lebensgroßen Heiligen auf den Bildern der Seitenflügel. Dieses Werk kam, wie das Bild mit der hl. Ursula zusammen mit Kardinal Albrecht von Brandenburg 1541 nach Aschaffenburg.
In der Mittelalterabteilung findet sich noch ein Altarbild mit Goldgrund von 1240/60, wertvolle Glasmalereien von 1480 und auch Schnitzereien von Tilman Riemenschneider.
