Colmars größte Sehenswürdigkeit ist der Isenheimer Altar von Matthias Grünewald. Seit der Neueröffnung des Museums Ende 2015 kann man ihn wieder im Chor der Kapelle des ehemaligen Dominikanerinnenklosters bewundern. Seit 1849 fungiert das Kloster als Musée Unterlinden. Der monumentale Wandelaltar entstand Anfang des 16. Jh. und besteht aus einem geschnitzten Mittelschrein sowie mehreren Flügeln und drei Schauseiten, die im Verlauf des Kirchenjahres unterschiedlich miteinander kombiniert werden können. In geschlossenem Zustand zeigt der Altar die Kreuzigung Christi. Aus konservatorischen Gründen sind die Bilder im Museum getrennt aufgestellt. Wie der Flügelalter an die Liturgie angepasst wird, zeigen die Modelle an der Wand.
Das auf die doppelte Ausstellungsfläche erweiterte Museum besteht aus drei Komplexen: dem Kloster, den ehemaligen städtischen Bädern (1906) und dem Neubau. Das Dominikanerinnenkloster präsentiert neben dem Isenheimer Altar weitere Gemälde aus dem 15./16. Jh., darunter Werke von Martin Schongauer, Hans Holbein und Lucas Cranach. Im Untergeschoss des Klosters sind Exponate von der Vor- und Frühgeschichte bis zum Mittelalter ausgestellt, dazu im Unter- und Erdgeschoss oberrheinische Kunst (Straßburg bis Basel) von der Romanik bis ins 16. Jh.
Eine unterirdische Galerie, in der Werke aus dem 19. und frühen 20. Jh. zu finden sind, führt hinüber zu den ehemaligen städtischen Bädern und dem neuen Flügel. Dieser präsentiert Werke der klassischen Moderne und zeitgenössische Arbeiten sowie Wechselausstellungen .
