Später diente der Zwinger als Pulvermühle und Gefängnis. Dass er heute als Mahnmal zum Stadtmuseum gehört, liegt an einem besonders traurigen Kapitel seiner Geschichte begründet: Im Nationalsozialismus nutzte die Gestapo diesen Ort als Hinrichtungsstätte.
Nach der Zerstörung durch Bombenangriffe im Zweiten Weltkrieg wurde der Zwinger zugemauert und zu einem unzugänglichen Ort, in dessen Mitte sich eine urwüchsige Wildnis entwickelte.
Dass er heute für die Öffentlichkeit zugänglich ist, ist der Künstlerin Rebecca Horn zu verdanken. Im Rahmen der „Skulptur Projekte in Münster 1987“ installierte sie im Inneren „Das gegenläufige Konzert“. Die Installation besteht unter anderem aus mechanischen Hämmern, die ein durchgehendes Klopfen erzeugen. Grablichter in den Nischen der ehemaligen Verließe und eine bewegliche Schlangenskulptur nehmen Bezug auf die Geschichte dieses Gebäudes.
Urheber: Johann Conrad Schlaun (Umbau 1732)
Bauherr: Stadt Münster
Baujahr: 1527-1532 / 1732 (Umbau) / 1997 (Gedenkstätte)