Die Kleinstadt mit maurischem Flair steigt vom Ufer des Rio Guadiana auf. Ungewöhnlich ist ihre Pfarrkirche, eine im 13. Jh. geweihte frühere Moschee mit zwölf maurischen Säulen und einem gotischen Gewölbe.
Mértola liegt im Parque Natural do Vale do Guadiana, in dem sich rund 100 archäologische Stätten befinden. Was Archäologen bei ihren Grabungen fanden, wird in Mértola im Museu Romano, im Museu Paleocristão (für die frühchristliche Epoche) und im Museu Islâmico gezeigt.
